Las ideas y el enfoque de la PNL se basan en dos áreas principales del pensamiento. La primera es la cibernética, una visión interdisciplinaria de cómo se organizan los sistemas basada en la retroalimentación, desarrollada en las décadas de 1940 y 1950, en la cual Gregory Bateson, una influencia importante en la PNL, fue una figura clave. Los fundadores de la PNL, Bandler y Grinder, reflejan principios centrales de la cibernética cuando dicen que ‘la unidad básica de análisis en la comunicación cara a cara es el circuito de retroalimentación‘ (Bandler & Grinder 1979:2).
La segunda área de pensamiento es el trabajo del Instituto de Investigación Mental de Palo Alto en la década de 1960, en el cual Bateson también estuvo involucrado. De manera significativa, los investigadores de Palo Alto hicieron hincapié en la pragmática de la comunicación humana, lo que también caracteriza a la PNL, y en el constructivismo, que es la idea de que las personas no pueden conocer la ‘realidad’ tal cual es, por lo que inevitablemente actúan de acuerdo con construcciones que crean.
Entre otras influencias, el movimiento de autoayuda que surgió en los Estados Unidos a mediados del siglo XX puede haber influido en la PNL más de lo que se reconoce generalmente. El énfasis de la PNL en el potencial de una persona para cambiarse a sí misma, y sus promesas de empoderamiento y éxito personal, reflejan un espíritu de superación personal que se remonta al libro de Dale Carnegie Cómo ganar amigos e influir sobre las personas (publicado por primera vez en 1936) y al libro de Norman Vincent Peale El poder del pensamiento positivo (de 1952).
El movimiento del potencial humano también fue significativo. En la década de 1960, California se convirtió en el centro del movimiento de crecimiento, ejemplificado por el Instituto Esalen, fundado en Big Sur en 1962, en el cual participaron los psicoterapeutas Virginia Satir y Fritz Perls.
Perls, uno de los principales desarrolladores de la Terapia Gestalt, fue un autor publicado por Robert Spitzer. Perls murió en 1970, dejando atrás algunos trabajos inconclusos. Spitzer le pidió a Bandler que transcribiera grabaciones de Perls en acción y que editara un manuscrito incompleto, para publicarlo póstumamente. Luego Bandler conoció a Virginia Satir, nuevamente a través de Spitzer, quien le pidió que grabara y transcribiera un taller de un mes que Satir iba a dirigir en Canadá, con la intención de convertir ese material en un libro.
Tras estas experiencias, Bandler continuó sus estudios en Kresge College, un experimento radical en educación comunitaria y alternativa, en la Universidad de Santa Cruz. Allí conoció al cofundador de la PNL, John Grinder, quien se unió a la Universidad de California como profesor asistente en 1970. Kresge no era en absoluto típico de la educación universitaria estadounidense, ni siquiera de la Universidad de Santa Cruz; Bandler, Grinder, varios colegas y más tarde el mismo Bateson, se encontraron mientras este experimento estaba en su apogeo. Los dos volúmenes de La estructura de la magia, publicados en 1975 y 1976 y con una colorida imagen de un mago en la portada, son el resultado de sus investigaciones sobre los patrones utilizados por excelentes comunicadores como Satir y Perls.